在哺乳動物早期胚胎發(fā)育過程中，胚胎通過原腸運動，形成了具有不同發(fā)育命運的外、中、內三個胚層。原腸運動過程中的三胚層形成為后續(xù)小鼠胚胎的器官形成等打下了堅實基礎，是整個胚胎發(fā)育過程中最關鍵的分子事件之一。

在小鼠原腸胚中，伴隨著胚胎發(fā)育過程的進行，各胚層逐漸形成特異性的區(qū)域分布。其中胚內部分的外胚層細胞主要分布在胚胎上胚層的前端部分；中內胚層前體細胞則主要分布在上胚層后端的原條部分，并經過上皮間充質轉換過程， 越過原條，向胚胎前端遷移包裹形成中胚層細胞。三胚層形成過程中伴隨著細胞命運的次序決定，對該過程中細胞命運決定調控機制的研究一直是發(fā)育生物學研究中的熱點和難點。

在前期研究中，研究團隊闡明了早期胚胎發(fā)育過程中，胚外組織細胞和胚內組織細胞對發(fā)育相關基因調控的不同表觀遺傳機制。然而，對原腸運動過程中三胚層形成的表觀調控機制的認識還很欠缺。

在本項研究中，研究團隊結合原腸胚胚層細胞區(qū)域化分布的特點和前期建立的少量細胞表觀遺傳學研究技術（low-cell number ChIP-seq和reduced representation bisulfite sequencing），對原腸運動過程中（起始階段E6.5天，中間階段E7.0天和結束階段E7.5天）的表觀遺傳修飾（H3K4me1, H3K4me3, H3K9ac, H3K27me3, H3K27ac, DNA methylation）模式進行了系統(tǒng)性研究。

通過結合ChromHMM 分析，研究人員構建了小鼠原腸胚中細胞的染色質狀態(tài)模型；結合進一步生物信息學分析，研究人員發(fā)現(xiàn)不同胚層的染色質狀態(tài)轉換呈現(xiàn)出不同的規(guī)律。其中，中內胚層細胞在原腸運動早期（E6.5-E7.0）就呈現(xiàn)出劇烈的變化，而外胚層細胞在原腸運動晚期（E7.0-E7.5）才呈現(xiàn)出明顯的變化。

通過整合已發(fā)表數(shù)據(jù)，研究人員確認了大量原腸胚中特異性存在的增強子，發(fā)現(xiàn)了器官發(fā)生關鍵基因相關的增強子在原腸胚中即被預標記的規(guī)律。在此基礎上，研究人員利用轉基因增強子活性報告系統(tǒng)對這些增強子在小鼠胚胎發(fā)育各階段的活性進行了驗證， 發(fā)現(xiàn)并鑒定了一個新的、在胚胎外胚層中具有特異性活性的預標記增強子-Ect2，并確認了該增強子在小鼠胚胎發(fā)育過程中的活性分布，及對小鼠胚胎干細胞神經分化過程的調控作用。

這項工作為理解哺乳動物胚胎發(fā)育過程中細胞譜系的形成及其發(fā)育潛能建立的表觀調控機制提供了大量翔實的數(shù)據(jù)，將極大地推動對哺乳動物早期胚胎發(fā)育過程規(guī)律及機制的認識，并為干細胞再生醫(yī)學的發(fā)展提供重要理論支撐。